Molecular genetic analysis of a cattle population to reconstitute the extinct Algarvia breed

Background: Decisions to initiate conservation programmes need to account for extant variability, diversity loss and cultural and economic aspects. Molecular markers were used to investigate if putative Algarvia animals could be identified for use as progenitors in a breeding programme to recover this nearly extinct breed. Methods: 46 individuals phenotypically representative of Algarvia cattle were genotyped for 27 microsatellite loci and compared with 11 Portuguese autochthonous and three imported breeds. Genetic distances and factorial correspondence analyses (FCA) were performed to investigate the relationship among Algarvia and related breeds. Assignment tests were done to identify representative individuals of the breed. Y chromosome and mtDNA analyses were used to further characterize Algarvia animals. Gene- and allelic-based conservation analyses were used to determine breed contributions to overall genetic diversity. Results: Genetic distance and FCA results confirmed the close relationship between Algarvia and southern Portuguese breeds. Assignment tests without breed information classified 17 Algarvia animals in this cluster with a high probability (q > 0.95). With breed information, 30 cows and three bulls were identified (q > 0.95) that could be used to reconstitute the Algarvia breed. Molecular and morphological results were concordant. These animals showed intermediate levels of genetic diversity (MNA = 6.0 ± 1.6, Rt = 5.7 ± 1.4, Ho = 0.63 ± 0.19 and He = 0.69 ± 0.10) relative to other Portuguese breeds. Evidence of inbreeding was also detected (Fis = 0.083, P < 0.001). The four Algarvia bulls had Y-haplotypes H6Y2 and H11Y2, common in Portuguese cattle. The mtDNA composition showed prevalence of T3 matrilines and presence of the African-derived T1a haplogroup. This analysis confirmed the genetic proximity of Algarvia and Garvonesa breeds (Fst = 0.028, P > 0.05). Algarvia cattle provide an intermediate contribution (CB = 6.18, CW = -0.06 and D1 = 0.50) to the overall gene diversity of Portuguese cattle. Algarvia and seven other autochthonous breeds made no contribution to the overall allelic diversity. Conclusions: Molecular analyses complemented previous morphological findings to identify 33 animals that can be considered remnants of the Algarvia breed. Results of genetic diversity and conservation analyses provide objective information to establish a management program to reconstitute the Algarvia breed.

An efficient parallel implementation of a least squares problem

Least squares solutions are a very important problem, which appear in a broad range of disciplines (for instance, control systems, statistics, signal processing). Our interest in this kind of problems lies in their use of training neural network controllers.

Dissection of the early steps in the assembly of the 20S proteasome in Saccharomyces cerevisiae

Tese de dout., Bioquímica (Biologia Celular e Molecular), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2010

Encapsulação de aminoácidos hidrolisados em lipossomas

A aquacultura é uma área em expansão devido ao aumento do consumo de peixe nos últimos anos sendo que para os estágios iniciais do desenvolvimento larvar é utilizado alimento vivo, como Artémia. Nos últimos anos tem-se tentado obter dietas inertes devido às limitações inerentes à utilização de alimento vivo. Estas dietas apresentam na sua constituição uma componente muito hidrossolúvel que facilmente se perde por lixiviação, constituída por compostos de baixa massa molecular, mas que são determinantes para o crescimento das larvas. O objetivo deste trabalho foi utilizar inicialmente os lipossomas e posteriormente as micropartículas de quitosano (CS) como veículos para tentar formular microdietas para a alimentação de larvas de peixe. Para tal, foram encapsulados o hidrolisado de proteína de peixe (CPSP 90®) e um mistura de vitaminas, oligo-elementos e minerais (Pré-Mix PVO-40®). Os resultados obtidos indicam que os lipossomas apresentam tamanhos entre os 150-600 nm, dependendo do número de ciclos de congelação/aquecimento. Embora se tenham obtido eficiências de encapsulação de CPSP na ordem dos 90-95%, concluiu-se que esta tecnologia não é rentável para a produção de microdietas para larvas de peixe devido à reduzida capacidade de produção diária. Desta forma, desenvolveu-se um segundo sistema, as micropartículas de CS, que evidenciaram tamanhos de 2.7 - 8.7 μm, dependendo da percentagem de CS e CPSP:PM e uma eficiência de encapsulação de 95%. A formulação CS:CPSP:PM 2:6:0.5 apresentou a libertação mais baixa (40% em 30-60 min), permitindo que os restantes 60% estejam disponíveis para ingestão. Foi observado também que o perfil de libertação depende da quantidade de polímero presente nas micropartículas. A caracterização dos dois tipos de sistema estudados indica que não podem ser utilizadas como formulação final para a alimentação de larvas de peixe devido ao seu tamanho, mas que têm o perfil ideal para fazer parte de uma sistema complexo, em que exista uma segunda micropartícula externa.